Voor de inrichting, het vullen en het onderhoud van de NDFF werken drie partijen nauw samen:
• De Gegevensautoriteit Natuur (GaN);
• Het Instituut voor Biodiversiteit en Ecosysteem Dynamica (IBED) van de Universiteit van Amsterdam;
• De Stichting VeldOnderzoek Flora en Fauna (VOFF).
Via een abonnement of via een losse levering kunnen klanten gegevens opvragen uit de NDFF. Beide vormen van gegevens opvragen worden gecoördineerd door Het Natuurloket.
De samenwerking is uitgebreid met onder andere Waarneming.nl en de Natuurbank Limburg. Inmiddels is ook Stichting Staringadvies aangesloten.