Iedere waarneming die via een Invoerportaal van de NDFF wordt ingevoerd, wordt automatisch gevalideerd. Dit gebeurt aan de hand van vaststaande criteria, zoals plek in Nederland en tijd van het jaar waarin de soort is gezien. Wanneer een waarneming afwijkt van deze vaststaande criteria, wordt hij bekeken door een expert. Na goedkeuring worden de waarnemingen aan de databank toegevoegd. De Gegevensautoriteit Natuur garandeert dat de gegevens in de NDFF betrouwbaar zijn.